1547’de Kanuni Sultan Süleyman’ın hazine reisi Yakup Ağa tarafından yaptırılmıştır, medrese, imaret, misafirhane ve sıbyan mektebinden oluşur.
 
   Cami; Yavuz Sultan Selim’in hocası Halimi Çelebi tarafından yaptırılmıştır. 1547’de Yakup Ağa tarafından onarılmış bugünkü halini almıştır. Kesme taştan yapılmıştır, kubbeler kurşunla örtülüdür. Yapılış tekniği dolayısıyla mimari kıymeti bulunduğu gibi medrese, imaret ve sıbyan mektebine sahip bir külliyede yer aldığı için de ayrıca değerlidir. Minaresi Cami’nin güneybatı köşesine inşa edilmiştir.
 
    Caminin kapısı ahşap ve sedef işçiliği ile dikkat çekmektedir. Oyma sanatının en iyi örneklerinden biridir. Kapı kanatlarındaki panolarda;
"Bu Cami’nin kapısı her zaman sevinçle açılsın." ve
"Ben Allah’ın birliğine şahadet ederim." yazıları bulunmaktadır.
 
   İmarethane (Aşevi); külliyenin kuzey tarafında yer alır. Aşevi bitişiğinde önü revaklı üzeri kubbeli odalar ve misafirhane olarak kullanılmış beş kubbeli revaklar bulunur.
Yakup Ağa imaretinde, günün her saatinde sıcak çorba bulunduğu, bu imaret kapısının daima açık olduğu, zengin fakir ayrımı yapılmaksızın gelen her misafire ikram yapıldığı anlatılır. Ağa İmareti olarak anılmasının nedeni bu imaretin halk üzerinde bıraktığı olumlu etkidir.
 
   Sıbyan Mektebi; beş ile on yaş arasındaki erkek ve kız çocuklarına din eğitimi verilen ve okuma yazma öğretilen sıbyan mektebi günümüzde kastamonu helvası satış yeri olarak kullanılmaktadır.

   Medrese; külliyenin diğer bir kısmını oluşturan medrese girişinde üzeri kubbeli odalar, güneyinde de tonoz örtülü odalar vardır. Osmanlı medreseleri arasında belirli bir plan tipine uymayan kendine özgü bir yapı şekli vardır.