Atabey Muzafferettin Yavlak Aslan Bey tarafından 13.yy ikinci yarısında 1273 yılında yaptırılmıştır.
Şehrin bilinen en eski camisidir.40 direğin üstüne oturtulan ahşap tavanı nedeniyle halk arasında kırk direkli cami diye bilinir. Kalenin bizanslılardan cuma günü alındığı ve ilk cuma namazı burada kılındığı tahmin edilmektedir.Bu tür camiler türk islam geleneğinde fetih camisi olarak isimlendirilir.Selçuklu Atabeyi Emir Hüsameddin Çoban Bey,in 1273 yılında Bizanslılardan fethettiği kastamonu da ilk cuma namazını kıldırdığı ve minbere kılıçla çıkıp hutbeyi okuduğu bilinir.
O zaman dan günümüze bu gelenek devam etmektedir.1800,1871,2009 yıllarında cami tamirat görmüştür. Çobanoğlu Hüsameddin Bey in türbesi camii nin bitişiğinde dir.